Nel 1656 la popolazione triorese venne letteralmente decimata da una grave peste, che, partita dal porto di Villafranca, dilagò in tutta la Liguria. Dieci anni dopo, nel 1666, in relazione alla necessità di riformare le leggi ecclesiastiche locali, il pontefice Alessandro VII emanò una bolla, intitolata Provisionis canonicatus collegiatae et parochialis loci Triorae, che trattava degli obblighi e degli onori canonicali del parroco e degli altri prelati residenti a Triora.
Nel 1670, essendo sorte delle contese fra Triora e Briga in merito all’intricata questione dei confini tra i due comuni, il re di Francia Luigi XIV inviò a Triora in qualità di legato con il compito di risolvere la questione confinaria tra i due paesi l’abate Ugo Servient.
Dopo esser giunto a Triora ed aver attentamente esaminato i termini giuridici della contesa confinaria, l’abate francese pronunciò un laudo o arbitrato sulla questione sulla sommità del monte Marta.
Il tentativo di mediazione compiuto dall’abate Servient non risolse però affatto la contesa inosorta tra i due paesi tanto che l’anno successivo il duca di Savoia Carlo Emanuele II, prendendo proprio a preteso la situazione permanente di attrito tra Triora e Briga per la questione dei confini e dei pascoli ai confini dei loro territori, dichiarò nuovamente guerra alla Repubblica di Genova.
Per tutto il 1672 il territorio di Triora divenne dunque teatro di una serie di sanguinosi scontri militari tra le truppe piemontesi e quelle genovesi, nel corso dei quali le campagne circostanti il paese vennero pesantemente devastate e le masserie sparse sul territorio saccheggiate e messe a ferro e fuoco.
A Triora vennero inoltre stanziati migliaia di soldati genovesi, cinquecento dei quali ingaggiarono uno scontro armato con le forze piemontesi sul colle del Pizzo.
Dopo due anni di aspro conflitto sulle montagne prospicienti Triora, il duca di Savoia pervenne infine ad una nuova pace con Genova che venne stipulata il 18 gennaio 1673.
